Pierwszy kościół pw. Św. Jana Nepomucena drewniany sytuowany był na terenie starego cmentarza. Wybudowany został w latach 1754-1757 z fundacji Anny i Konstantyna Ołtarzewskich, spalony w 1788 r.

            Obecny kościół (pod tym samym wezwaniem), zbudowany został w latach 1791-1795 wg projektu architekta Joachima Hempla, fundacji Wojciecha i Franciszki Bielskich – dziedziców dóbr Fajsławice. Budowa została rozpoczęta 4 czerwca 1791 r. Pierwsze nabożeństwo w nie wykończonym jeszcze kościele odbyło się w pierwszą niedzielę adwentową w 1792 r. Podczas Powstania Kościuszkowskiego w dniach 10-12 czerwca 1794r. kościół został ograbiony przez wojska rosyjskie. Zakończenie budowy kościoła – jak podają wszystkie materiały źródłowe nastąpiło w 1795 r.

            Wg inwentarza dóbr kościelnych, który został sporządzony w 1830 r. kościół pokryty był gontem, liczył 21 sążni (ok. 37 m) długości i 8 sążni (ok. 14 m) szerokości. Podłoga ułożona była z nowych tarcic w 1830 r., sufit także był ułożony z tarcic, pokryty gipsem i pomalowany wapnem. Wejście główne znajdowało się od południa, a mniejsze od północy. Organy dwunastogłosowe zainstalowano w 1794 r. a odnowiono w 1836r. Kościół został prawie całkowicie zniszczony podczas batalii wojennej między 28 sierpnia a 2 września 1914 r. oraz w połowie lipca 1915 r. Odbudowy kościoła podjął się ksiądz proboszcz Emanuel Krzywicki w latach 1916-1920.

            Kościół jest murowany z kamienia i cegły na rzucie wydrążonego prostokąta, ze ściętymi narożnikami od strony prezbiterium. Zewnątrz jest otynkowany, kryty dachem dwuspadowym z blachy. Po bokach znajdują się symetryczne rozmieszczone zakrystie wtopione w bryłę kościoła, z których jedna stanowi pomieszczenie do przechowywania szat i naczyń liturgicznych, druga jest skarbcem. Kościół-prezbiterium zwrócony jest w kierunku północno-wschodnim a fasada w kierunku południowo-zachodnim. Fasada podzielona jest na trzy pionowe i dwie poziome części. Część dolna, środkowa ograniczona jest z obu stron parami półkolumn. Na otworze drzwiowym znajduje się tablica z napisem łacińskim De tuis donis, Tibi offeribus (Z Twoich darów, Tobie ofiarujemy). Nad napisem znajduje się wąski gzyms oddzielający łaciński napis od płytkiej wnęki o zaokrąglonych i profilowanych w części górnej rogach. Na ścianie w tej wnęce namalowany jest wizerunek matki Boskiej Częstochowskiej. W częściach dolnych bocznych fasady, na wysokości otworu wejściowego, znajdują się dwie płytki wnęki arkadowe. Wyżej widoczne są dwie nisze ograniczone od dołu wąskim gzymsem. Wewnątrz nich umieszczone są dwa kamienne posągi – św. Pawła i św. Piora. W części centralnej szczytu znajduje się malowidło ścienne przedstawiające ukrzyżowanego Chrystusa i klęczącego u jego stóp św. Jana Nepomucena (patrona parafii).

            Wnętrze ozdobione jest stylizowanymi pilastrami, zakończonymi od góry gzymsem. Ołtarz główny wykonany jest z zaprawy wapniowo-piaskowej w stylu neorenesansowym, podzielony na trzy części i ograniczony po bokach żłobkowanymi półkolumnami. Półkolumny posiadają złocone kapitele oparte na wysokich ośmiokątnych bazach. Neorenesansowy ołtarz główny i również neorenesansowe cztery ołtarze boczne datowane są na 1917 r. U szczytu ołtarza umieszczone jest malowane oko w trójkącie, otoczone wieńcem złoconych promieni. Pola ograniczone półkolumnami zawierają trzy obrazy: centralnie Matki Boskiej Niepokalanego Poczęcia, z lewej strony wizerunek św. Teresy, z prawej wizerunek patrona parafii św. Jana Nepomucena. Ołtarze boczne zawierają wizerunek św. Józefa z dzieciątkiem Jezus, św. Izydora- patrona rolników, Matki Boskiej Częstochowskiej w złoconej sukience i krucyfiks z wotami. Obrazy świętych oprawione są w szerokie, złocone ramy. Ołtarze te są prostokątne, ze żłobkowanymi lub wypełnionymi ornamentami, pilastrami podtrzymującymi ryzy z motywami roślinnymi i zwieńczone wazonami. Malowidła, które je pokrywają naśladują marmur i złocenia. Znajdują się one na ścianach bocznych, w polach wydzielonych przez pilastry. Tablice epitafijne są wmurowane w ścianę pomiędzy ołtarzami oraz nad konfesjonałami. Epitafia klasycystyczne są z czarnego marmuru:

- Wojciecha Saryusz z Bielskiego fundatora kościoła (zm. 1807 r.) fundowane w 1808 r. przez    żonę Franciszkę z Zapolskich, z herbem Jelita,

- Franciszki z Zapolskich Bielskiej (zm. 1829 r.), z różowego marmuru w obramieniu piaskowca,

- Franciszka Ksawerego Potockiego (zm. 1837 r.) radcy stanu Królestwa Polskiego, - Antoniego Wierzbickiego, pułkownika wojsk polskich (zm. 1847 r.), fundacji żony Tersy z Błażowskich wraz z dziećmi Zofią, Tomaszem i Antonim,

- Ignacego Bielskiego (zm. 1854 r.),

- Zofii z Suchodolskich (zm. 1856 r.), w obramieniu z piaskowca

            Dwie żeliwne tablice epitafijne umieszczone są w płytkich wnękach arkadowych na elewacji frontowej kościoła po obu bokach na wysokości drzwi:

- Jędrzeja Boniewskiego i Anny z Kamińskich Boniewskiej, rodziców ks. Karola Boniewskiego, ufundowana w 1856 r. przez księdza Boniewskiego,

-   ks. kanonika Karola Boniewskiego z końca XIX wieku ufundowana przez jego siostrę

            Kościół pw. Św. Jana Nepomucena w Fajsławicach wraz z całym zespołem przykościelnym został wpisany do rejestru zabytków województwa lubelskiego w dniu 5 lutego 1969 r. pod nr. A/391.